В начале игры загадочный G-Man будит Гордона и довольно туманно намекает на вновь предстоящие «великие дела». Несколько секунд спустя Гордон оказывается в поезде, прибывающем в Сити 17, безоружный и без своего защитного костюма HEV, который служил ему верным помощником в первой части игры (причём G-Man ранее разрешил Фримену оставить костюм себе). Вскоре обстановка начинает проясняться: Сити 17 находится под властью тоталитарного правительства, во главе которого находится администратор, по фамилии Брин, бывший руководитель исследовательского центра «Чёрная Меза». Но Брин, в свою очередь, сам пешка в руках лидеров могущественного всегалактического союза — Альянса. Портальные штормы, начавшиеся после смерти Нихиланта по всей Земле, привлекли внимание Альянса, и вскоре его войска совершили жестокую атаку на человечество, войну прозванную «Семичасовой», так как после семи часов войны Брин заставил людей сложить оружие, чем и заслужил покровительство Совета Альянса и стал полномочным председателем правительства на Земле. Теперь Альянс практически полностью контролирует всю планету, кроме лишь нескольких очагов сопротивления. Благодаря высоким технологиям человечество делает резкий скачок в развитии. Гордон, прибывший в Сити 17, видит повсеместную их интеграцию. Часть зданий модифицирована укреплениями из чёрного металла. Над городом летают мобильные сканеры, следящие за обстановкой в городе. В городах работает организация "Гражданской обороны" — специально обученых людей, поступивших во внутренюю полицию Альянса и лишившихся таким образом части мозга, заменённого на микрочипы. Но самым страшным средством убеждения Альянса, наравне с промывкой мозгов и раскинутыми над городами полями подавления цикла размножения, были синтетные роботы — биомашины, уничтожающие все на своём пути.
| 
